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转录组测序

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项目流程

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实验流程

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样本要求

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*RIN,RNA Integrity Number,是BioAnalyser 2100自动生成用于评估RNA质量的数值,分布在0-10之间,数值越高RNA质量越好。


数据分析

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附注:

[1]质控和比对指标:Q30,clean reads比率,覆盖均一性,reads比对率,唯一比对率和重复率。

[2]至少10个样本。

[3]需要提供病人相关的临床信息,如性别、年龄、时间、状态、用药等。


贝斯派的优势

      复杂样本RNA提取

      案例:某植物果实总RNA抽提,果实含有大量淀粉果胶等杂质,导致抽提困难,下面两张2100分析图分别是使用Trizol Reagent抽提结果和BasePair RNA抽提试剂抽提结果,可以看出BasePair RNA抽提试剂在处理果实这种复杂样本时,效果更佳。

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     复杂样本RNA提取

     二代测序对样本量要求较大,普通文库构建要求客户提供至少1.5ug高通量RNA样本,特殊物种可能需求更多。然而某些珍贵样本往往很难获得足够的核酸样本。为此,贝斯派针对微量样本开发了整套的微量核酸样本提取(需与技术支持及时沟通)及建库方案,可以100ng总RNA(有特殊需求的可以更少)进行mRNA文库构建。

     复杂样本纯化

     植物核酸样本,免疫富集样本等复杂样本往往会有糖、酚、蛋白等杂质污染,这些杂质可能会直接导致建库失败。贝斯派在遇到纯度不达标的样本时,可为客户提供高质量的核酸样本纯化服务,从而获得高质量RNA样本,为客户拿到高质量分析数据提供技术保障。

     自主开发的高质量文库构建技术

     贝斯派拥有5年的文库构建经验,并总结开发了一套自有建库技术,该技术具有低扩增重复、低接头二聚体、高覆盖度、低嵌合体等优点,并可以根据客户的样本特殊性,为客户选择合适的建库技术方案,以便有针对性地满足客户需要。

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转录组测序验证方法

      1、基因表达量验证:qPCR等。

      2、基因功能验证:基因敲除,RNAi,组蛋白修饰,甲基化修饰等。