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复杂疾病罕见突变研究的解决方案

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       复杂疾病是一类由遗传、环境等综合因素导致的疾病。复杂疾病的人群发病率比较高,一般高于1%,因此也叫作“常见疾病”,如糖尿病、高血压、高血脂、癌症等。挖掘遗传致病因素,一直都是复杂疾病研究的热点,对于早期诊断和个性化治疗具有积极意义。关于复杂疾病的遗传致病因素存在两种假设:常见疾病-常见变异(CDCV),即常见疾病是由于常见突变导致,这也是GWAS的假设前提;常见疾病-罕见变异(CDRV),即罕见突变(突变频率<1%)对于常见疾病的影响更重大。早期大量GWAS研究得到的疾病相关CDCV,许多被证实对疾病的影响是微弱的。另外CDRV相对于CDCV具有更高的风险比,而且相关研究也越来越多。本产品的为科研工作者提供了CDRV研究的整体解决方案。 


项目设计

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复杂疾病罕见突变研究。Ron Do, et al. Human Molecular Genetics, 2012


样本要求

       血液:5ml-10ml, 使用EDTA抗凝管(紫色盖)颠倒混匀,严禁使用肝素钠,枸橼酸钠。


测序策略

       1、全外显子组测序,PE150,平均深度60-80x。

       2、目标区域捕获测序,根据需要定制目标基因捕获panel,进行高通量测序。


案例解析

       Do R, Stitziel N O, Won H H, et al. Exome sequencing identifies rare LDLR and APOA5 alleles conferring risk for myocardial infarction[J]. Nature, 2015, 518(7537): 102-106.

文章设计:为研究早发型心肌梗塞(MI)的遗传致病因素,作者选取了两类极端人群(早发型MI人群和高龄无MI人群),做了全外显子区域捕获测序。通过大样本的关联分析,发现LDLR和APOA5两个基因上的罕见突变与MI的风险相关,LDLR上的罕见突变让MI风险增加了4.3倍,并且携带者的血液的低密度胆固醇. 190 mg dl-1;而基因APOA5上的罕见突变让MI的风险增加了13倍,携带者的血浆甘油三脂浓度更高。

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图1. MI研究的实验设计

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